Дфмн, доцент Р.Г. Ефремов (на базе ИБХ РАН):

1.  Компьютерное моделирование взаимодействий белок-мембрана методом Монте-Карло.
2. Структурно-динамические аспекты поведения гидратированных фосфолипидных бислоев: анализ с помощью метода молекулярной динамики.
3. Пептиды и белки в мембране: молекулярное моделирование с применением явно заданных моделей липидного бислоя.
4. От аминокислотной последовательности - к функции: молекулярное моделирование пространственной структуры белков и межмолекулярных взаимодействий.

Член.-корр. РАН, профессор В.Г. Дебабов (на базе ФГУП ГосНИИГенетика):

       Лаборатория генетики бактерий:

    1. Рефолдинг бактериальных люцефераз.
        Задача исследования: Измерение констант скоростей термоинактивации и
ферментативной реакции люцифераз, выделенных из различных бактерий.
Сравнение термостабильности люцифераз in vivo и in vitro. Роль бактериальных
белков шаперонов и низкомолекулярных осмолитов в термостабильности
люцифераз.
     2. Структура и функция антирестриктазы ArdA.
          Задача исследования: Выделение и очистка белка ArdA,
кристаллизация белка. Сайт-направленный мутагенез гена ardA. Получение
мутантных форм белка ArdA с нарушением функциональной активности.
   
    Лаборатория биохимической генетики:

3. Получение и анализ мутаций в лидерной области гена ribB E.coli.

Работа связана с принципиально новым механизмом регуляции транскрипции, основанный на прямом взаимодействии малых молекул (ФМН, ФАД, тиамин пирофосфат) с вторичной структурой мРНК. Расшифровка молекулярного механизма взаимодействия малых молекул с мРНК проводится на модели генов рибофлавинового оперона Bacillus
subtilis и E.coli. В методическом плане данная тема предполагает освоение таких современных молекулярно-биологических приемов, как ПЦР-амплификация регуляторных участков модельного гена ribB, проведение сайт-направленного мутагенеза,
конструирование и анализ транскрипционных и трансляционных фьюзов, измерение
активности реперного гена lacZ. Важным аспектом работы является выделение и
анализ специфической мРНК, разработка методов тестирования взаимодействия
мРНК с низкомолекулярными лигандами и др.
   

Профессор К.В. Шайтан (на базе корп. Б):

1. Молекулярная динамика коллективных конформационых переходов в белках и пептидах.

2. Молекулярная динамика биомиметиков и молекулярных моторов.

3. Структура энергетической поверхности биомакромолекул.

Профессор К.В. Шайтан на кафедре биофизики:

1. Динамика переноса заряда в биологических системах.

2. Влияние электромагнитных полей на динамику биомакромолекул.

3. Динамика коллективных конформационных переходов.

Профессор Д.А. Долгих (на базе ИБХ РАН) :

1. Белковая инженерия искусственных белков (клонирование гена/генов, экспрессия, исследование свойств). 

2. Белковая инженерия цитохрома с.

Профессор А.Г. Тоневицкий (на базе НИИТ и ИО МЗ РФ):

1. Гибридомная технология.
Получение моноклональных антител против белковых токсинов.
Моноклональные антитела против пептидов.
Изучение кинетики взаимодействия антиген-антитело.

2. Вакцины нового поколения.
Клонирование и экспрессия белков вируса гепатита С. Создание рекомбинантных
конструкций на основе вирусного белка Е2. Изучение взаимодействия
рекомбинантного белка Е2 с рецептором.