Программное обеспечение

Cписок программ, которые мы применяем для обработки данных, получаемых с криоэлектронных микроскопов.

  1. Ctffind – программа для определения параметров CTF (астигматизм, дефокус) для untilted микрофотографий.
  2. Ctftilt – та же программа, но для определения CTF по tilted изображениям. Входные параметры те же, что и ctffind. Добавляются только PAve — pixel average, TiltA — ожидаемый tilt angle, TitlR — разброс при определении tilt angle.
  3. Signature – программа для сборки одиночных частиц с микрофотографий.
  4. EMAN – пакет для полной обработки 3DEM данных и получения реконструкций.
  5. Chimera – программа для визуализации, поддерживает многие EM форматы.
  6. ChimeraX – новое поколение Химеры. Поддерживает Python3, интеграции с современными веб-сервисами.
  7. FReAlign – программа для улучшения 3D-реконструкций. В последних версиях доступна конвертация файлов в формат Imagic и обратно. EMAN2 имеет встроенную версию Frealign.
  8. IMAGIC-5 – еще один пакет для полной обработки 3DEM данных и получения реконструкций.
  9. DireX, Rosetta, Gorgon, Situs – софт для докинга и валидации 3DEM моделей.