Software

List of programs we use to process data obtained from cryo-electron microscopes

  1. Ctffind – determination of CTF params (astigmatism defocus) for untilted micrographs.
  2. Ctftilt – same program, but for tilted images. Additional input parameters: PAve – pixel average, TiltA – expected tilt angle, TitlR – deviation of tilt angle.
  3. Signature – particle picking program.
  4. EMAN – 3DEM suit for single particle analysis.
  5. Chimera – visualization software with many EM formats support.
  6. ChimeraX – новое поколение Химеры. Поддерживает Python3, интеграции с современными веб-сервисами.
  7. FReAlign – программа для улучшения 3D-реконструкций. В последних версиях доступна конвертация файлов в формат Imagic и обратно. EMAN2 имеет встроенную версию Frealign.
  8. IMAGIC-5 – еще один пакет для полной обработки 3DEM данных и получения реконструкций.
  9. DireX, Rosetta, Gorgon, Situs – software for 3DEM model validation and docking