Молекулярная динамика белков и пептидов
Методическое пособие
1.2.1. Коллизионный (столкновительный) термостат.
В этой модели термостата вводится среда виртуальных частиц, взаимодействующих с частицами изучаемой молекулярной системы [8,9]. Столкновения происходят по закону упругих шаров. Варьируя массу виртуальных частиц и частоту столкновений с атомами системы, добиваются наилучшего совпадения с экспериментальными данными. При расчёте в вакууме обычно задают массу виртуальных частиц 18 а.е.м, а частоту столкновений 55–60 пс–1. Такая среда по вязкостным свойствам близка к воде при н.у.
Температура термостата определяет функцию распределения виртуальных частиц по скоростям:
(14)f(v) – функция распределения вероятности виртуальных частиц по скоростям (f(v)dv – вероятность того, что абсолютная величина скорости виртуальной частицы находится в интервале от v до v+dv), m – масса виртуальной частицы, k – константа Больцмана, T – температура термостата.
Частота столкновений задаётся распределением Пуассона:
(15)p(r) – вероятность того, что за промежуток времени (0,t) произойдет r столкновений, ξ – частота столкновений.
