Молекулярная динамика белков и пептидов
Методическое пособие
1.6. Сравнительный анализ результатов.
Для анализа сходства или различия динамического поведения молекул используют различные приемы. В частности, изучают топологическое строение карт уровней свободной энергии молекул, авто- и кросскорреляционные функции двугранных углов. Проводят дисперсионный анализ этих объектов [15-17]. При этом вводится Евклидова метрика для определения различий, например, между картами уровней свободной энергии для выявления однотипных объектов и классификации конформационных степеней свободы. Метрики для нахождения различий между двумерными картами (25) и автокорреляционными функциями (26) приведены ниже.
(25)
(26)Здесь индексы r, s соответствуют двум разным аминокислотным остаткам, a – параметр разбиения, p – плотность вероятности, f – значение действительной части автокорреляционной функции, индексом i обозначена автокорреляционная функция, интеграл под которой имеет максимальное значение на рассматриваемом участке. Для построения кластерного дерева применяют алгоритм выбора минимальных расстояний.
