Молекулярная динамика белков и пептидов
Методическое пособие
1.2.2. Термостат Берендсена.
Алгоритм Берендсена основан на введении знакопеременного трения [1]. Отклонения температуры (T) от её равновесного значения (T0) корректируются согласно уравнению Ландау-Теллера [10]:
(16)T(t) – текущее значение температуры.
Отклонения в значении температуры экспоненциально убывают с характерным временем τ. Изменение кинетической энергии моделируется путем перемасштабирования скоростей атомов молекулярной системы на каждом шаге:
(17)λ – коэффициент пересчёта скоростей, τ1 – постоянная времени порядка 1 пс.
Известно, что использование термостата Берендсена, особенно для относительно небольших систем и на длинных траекториях, приводит к физически некорректным результатам, связанным с неравномерным распределением энергии по степеням свободы [11].
