Молекулярная динамика белков и пептидов
Методическое пособие
2.1. Сборка молекулы с помощью программного пакета HyperChem.
Окно программы HyperChem приведено на Рис. 4, основные типы клавиш, используемые для создания и редактирования молекулы – в табл.1.
Рис. 4. Окно программы НуреrChem.
Таблица 1. Основные клавиши, используемые в программе HyperChem
| Щёлкнуть по иконке | Щёлкнуть по экрану | |||
| один раз левой кнопкой | два раза левой кнопкой | один раз левой кнопкой | один раз правой кнопкой | |
 |
Рисовать | Таблица Менделеева | Нарисовать | Стереть |
 |
Выделять | Добавить атомы водорода и построить модель | Выделить | Снять выделение |
 |
Вращать в пространстве | Как вращать (значения) | Вращать | Вращать выделение (если стоит опция в File –> Pref. –> Tool –> Whole mol. tr.) |
 |
Вращать в плоскости экрана | Как вращать (значения) | Вращать | Вращать |
 |
Сдвигать в плоскости экрана | Значения | Сдвигать | Сдвигать выделение |
 |
Сдвигать по оси Z | Значения | Сдвигать | Сдвигать выделение |
 |
Увеличивать-уменьшать | Задать увеличение | Вниз по экрану – увеличить, вверх – уменьшить | |
 |
Сдвигать по оси Z | Границы видимости по Z | Сдвигать | Сдвинуть выделенную часть |
Для того чтобы построить полипептидную цепь, достаточно воспользоваться базой данных по структуре стандартных аминокислотных остатков. Любую цепь необходимо начинать с остатка ацетила и заканчивать N-метиламином. Это позволяет избежать нежелательных краевых эффектов и тем более важно в случае изучения одиночных аминокислотных остатков.
Чтобы вызвать базу данных аминокислот (Рис. 5), надо нажать Databases –> Amino Acids...
Рис. 5. База данных стандартных аминокислотных остатков. Ace – ацетил (начальный остаток), Nme – N-метиламин (конечный остаток).
Для того чтобы создать монопептид, состоящий из остатка тирозина, нужно последовательно нажать Ace –> Tyr –> Nme. Затем закрыть базу данных.
