Сохранение структуры. Молекулярная динамика белков и пептидов. Методическое пособие

Выделите орфографическую ошибку мышью и нажмите Ctrl+Enter

К.В. Шайтан, К.Б. Терёшкина

Молекулярная динамика белков и пептидов

Методическое пособие

Предисловие

1. Введение в метод молекулярной динамики

1.1. Физические основы метода молекулярной динамики

1.2. Температура и термостаты

1.2.1. Коллизионный (столкновительный) термостат

1.2.2. Термостат Берендсена

1.3. Длина траектории и эргодичность

1.4. Численное интегрирование. Метод Верле

1.5. Обработка результатов. Статистики

1.6. Сравнительный анализ результатов

1.7. Протокол молекулярной динамики

2. Практическая часть

2.1. Сборка молекулы с помощью программного пакета HyperChem

2.1.1. Создание модифицированного аминокислотного остатка

2.1.2. Помещение молекулы в водное окружение

2.1.3. Сохранение структуры

2.2. Изучение динамики молекулы с помощью программы MoDyp

2.2.1. Создание входных файлов для модуля premd.exe

Файл структуры *.ent и его описание *.pos

Файл структуры *.hin

Топологический справочник *.tpl

Силовое поле amber*.ff

2.2.2. Создание входных файлов для modyp.exe

Структура молекулы, *.str

Задание параметров *.prm

Задание статистик *.tsb

Запуск Modyp

2.3. Обработка результатов

2.3.1. Построение графиков статистик, которые были рассчитаны параллельно с траекторией. Использование пакета Matlab

Построение графиков. Использование drawstat.m

Примеры графиков для различных функций

Построение группы графиков. Проведение одномерного дисперсионного анализа. Форматы файлов nomes.dat, loadstat.m и dendrogram.m

2.3.2. Извлечение данных из траектории. Их обработка с помощью пакета Matlab

Использование утилиты trjdump.exe. Формат файла trjdump.batch

Построение графиков по данным, полученным с использованием trjdump.exe

3. Приложение

3.1. Изучение динамики поведения монопептида триптофана в водном окружении

3.2. Изучение динамики поведения модифицированного монопептида тирозина (с дополнительной гидроксидной группой) в столкновительной среде

3.3. Изучение динамики модифицированного полипептида СЕМАКС-05. Пример отчёта

Литература

Дополнительная литература

2.1.3. Сохранение структуры.

Для удобства, нужно преобразовать типы атомов в получившейся структуре в тип, поддерживаемый программой MoDyp: Setup –> Molecular Mechanics –> Amber –> OK –> OK; Build –> Calculate Types.

Сохранить молекулу необходимо в двух форматах – hin (внутренний формат HyperChem), где указана вся информация о структуре, и ent (стандартный формат Банка белковых структур – Protein Data Bank):

File –> Save as –> TY3.hin
File –> Save as –> TY3.ent (Поставить галочки в Hydrogens и Connectivity!)

Выделите орфографическую ошибку мышью и нажмите Ctrl+Enter