Для чёткой характеристики условий проведения молекулярно-динамического эксперимента и сравнения полученных данных с результатами расчетов других авторов необходимо описание существенных параметров процедуры расчёта, или протокола молекулярной динамики (МД-протокола). В МД-протоколе необходимо указать следующее:

В зависимости от конкретной задачи в протокол следует вносить и другие данные, непосредственно касающиеся метода расчёта. Например, при дополнении потенциальных полей некоторыми значениями, полученными методами квантовой химии следует указать название метода и его характеристики, такие, как базис, по которому раскладывались молекулярные орбитали [18,19]. При расчёте парциальных зарядов следует указать также метод расчёта [18,20] и сказать, проводилась ли оптимизация геометрии, или был произведён расчёт single point.