В реальных экспериментах интересующие нас молекулы обычно находятся в растворах и активно взаимодействуют с молекулами растворителя. Температура системы поддерживается за счёт энергообмена с внешней средой. Детальный учёт взаимодействия молекулы с внешней средой часто невозможен. Для учёта эффектов энергообмена с внешней средой используются специальные алгоритмы – термостаты.

В молекулярной динамике температура молекулярной системы вводится через удельное среднее значение кинетической энергии. Выражение для средней кинетической энергии системы имеет вид:

Из статистической физики известно, что кинетическая энергия системы и ее температура связаны следующим соотношением:

Из (10) и (11) получаем мгновенное значение "температуры":

Далее, проведя усреднение по времени, получим значение температуры в молекулярно-динамическом эксперименте:

Часто, для того чтобы ускорить сканирование репрезентативной точкой конфигурационного пространства расчёты проводятся при относительно высоких температурах.

Использование термостата особенно важно на этапе релаксации системы. В случае установившегося термодинамического равновесия температура термостата и средняя температура молекулярной системы должны совпадать. Энергии подсистем обычно много меньше энергии термостата, это является условием практического равновесия. При изучении молекулярной динамики обычно фиксируют температуру термостата. Температура молекулярной системы может при этом меняться вследствие различных причин. Например, из-за конечного шага интегрирования частица может оказаться в классически запрещённой области. Это приведет к резкому скачку энергии, а затем и температуры.

Ниже мы рассмотрим две наиболее часто встречающиеся модели термостатов – коллизионный термостат, основанный на столкновительной динамике, и термостат Берендсена, использующий в уравнениях движения знакопеременное нелинейное трение.