Молекулярная динамика белков и пептидов
Методическое пособие
2.1.2. Помещение молекулы в водное окружение.
Для помещения молекулы в водное окружение (Рис. 6), нужно нажать Setup –> Periodic Box... и задать размеры "ящика" с водой (Periodic Box Size), в случае монопептида – куб со сторонами 20Å (Рис. 7).
Рис. 6. Молекула Ace-Tyr-Nme в водном окружении с периодическими граничными условиями.
Рис. 7. Создание водного окружения с периодическими граничными условиями. Задать в "Periodic Box Size" по осям X, Y и Z 20Å.
После создания водного окружения нужно отрелаксировать молекулу:
- Setup –> Molecular Mechanics –> Amber –> OK;
- Compute –> Geometry Optimization –> OK.
Примечание: Перед релаксацией необходимо снять выделение какой-либо части молекулы, иначе будет проведена релаксация только этой части!
Когда релаксация будет завершена, внизу окошка HyperChem (Рис. 8) будет дана информация об энергии молекулы в данной точке, градиенте и о том, что найден энергетический минимум (Converged = YES).
Рис. 8. Молекула Ace-Tyr-Nme в воде после завершения релаксации.
